校区
由于历史的原因，哥本哈根大学的校区相当分散，主要分布在哥本哈根市中心、奥斯特学院 (H.C. ?rsted Institute) 附近和阿迈厄岛 (Amager) 的北部；但同一专业的课程一般不会在不同的校园教授。
曾用和现行学院徽章
四大校区：
N?rre Campus（北校区）：包含了大部分的健康-医药学院和部分自然科学学院，新的药学中心 (Pharma Science Centre)、马士基大楼 (The M?rsk Building)、尼尔斯·玻尔大楼 (The Niels Bohr Building) 已竣工或正在兴建中，未来会将该校区规划成哥本哈根科学城 (Copenhagen Science City)[16] ；
Frederiksberg Campus（腓特烈堡校区）：自然科学学院的主校区，同时包含部分健康-医药学院，2016年初启用新的哥本哈根植物学中心 (Copenhagen Plant Science Centre) ；
City Campus（城市校区）：现社会科学学院、法学院、神学院、行政部门所在地，也包含了部分自然科学学院及健康-医药学院，在获得丹麦环境部VILLUM基金会、诺和诺德基金会等多个基金会的资助后，新的自然历史博物馆亦在计划中；
S?ndre Campus（南校区）：主要是人文学院和小部分自然科学学院，预计2016/17学年冬季扩建 (KUA3) 完成，届时法学院和神学院亦将迁址至此；
市外校区或分部：
Taastrup Campus（措斯楚普校区）：自然科学学院和健康-医药学院部分设施所在地；
Helsing?r（赫尔辛格），H?rsholm（霍斯霍姆），Ndebo（诺波）：各有自然科学学院的部分建筑，在N?debo还成立了新的森林学校 (Forest School)；
学院
哥本哈根大学起初有五大学院，它们分别是：神学院、社会科学学院、健康学院、人文科学学院和自然科学学院，以及一个校外的口腔中心。所有本科课程以丹麦语授课为核心，且学生入学后每学期都有充分的英语课程，能获取学分。经过不断的调整与2012年的院系归并，六大学院为：健康与医药科学学院、人文学院、法学院、自然科学学院、社会科学学院和神学院。
哥本哈根大学设有超过100个科系或中心的教学与研究工作，各个科系划分成不
同专业，很多专业在研究生阶段又细分为不同的专精方向 (Specialization) 。神学院合并为一个科系，有9个研究中心；法学院也合并为一个科系，有10个研究中心；社会科学学院有5个系和6个研究中心；人文科学学院有8个系，12个研究中心；自然科学学院有10个系，包括尼尔斯·玻尔研究所在内的29个研究中心，以及附属的自然历史博物馆；医药与健康科学学院有16个系，22个研发中心，以及附属的23家医院和一个糖尿病医疗研究中心的联合体 —— 哥本哈根大学医院 (Copenhagen University Hospital)。此外，哥本哈根大学还有34个跨科系 (Cross-Department) 研究中心，21个跨学院 (Cross-Faculty) 研究中心，7个跨校际 (Cross UNICPH-Institutional) 研究中心，以及一个独立的生物技术研究与创新中心 (BRIC)。
